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胖节点 fat2way 任务提交

fat2way 分区为大内存节点,通常用于需要大内存的单节点任务

快速命令

可使用平台提供的快捷命令 bjmurun-fat2way,无需脚本:

bash
bjmurun-fat2way 1 1 "pwd && hostname && date && sleep 30"

标准脚本

也可通过标准 Slurm 脚本提交

下面给出 job-fat2way-c.srp 脚本的示例

bash
#!/bin/bash
#SBATCH -J sle135926
#SBATCH -p fat2way
#SBATCH -N 1 
#SBATCH -o sle135926_%j.out
#SBATCH -e sle135926_%j.err
#SBATCH --no-requeue
#SBATCH -A skl_g1
#SBATCH --qos=sklf2w
#SBATCH -c 1
srun   sleep 11

注意事项

  • 不建议使用 MPI 并行
  • 不建议跨节点
  • 推荐单节点任务或 OpenMP 并行
MPI 并行 vs OpenMP 并行
  • MPI 并行 (Message Passing Interface)

    • 并行方式:多进程,每个进程有独立内存,通过消息传递通信
    • 适用场景:跨节点计算、大规模分布式任务(如分子模拟、量子化学)
    • 运行方式
      bash
      mpirun -np 64 ./prog    # 启动64个进程
  • OpenMP 并行 (Open Multi-Processing)

    • 并行方式:多线程,共享同一内存,依靠编译器指令实现循环/任务并行
    • 适用场景:单节点内加速(矩阵运算、数值内核、数据并行任务)
    • 运行方式
      bash
      export OMP_NUM_THREADS=64
      ./prog                  # 在单进程内启动64个线程

由北京大学智慧药物平台提供支持